Video: Wat is een BAM-indexbestand?
2024 Auteur: Lynn Donovan | [email protected]. Laatst gewijzigd: 2023-12-15 23:51
EEN BAM-bestand (. bam ) is de binaire versie van een SAM het dossier . een SAM het dossier (.sam) is een door tabs gescheiden tekst het dossier die sequentie-uitlijningsgegevens bevat. Indexeren : IGV vereist dat zowel SAM als BAM-bestanden worden gesorteerd op positie en geïndexeerd , en dat de indexbestanden een specifieke naamgevingsconventie volgen.
Evenzo vragen mensen: hoe open ik een BAM-bestand?
Van de Bestand menu kiezen Open en selecteer BAM-bestanden vanaf de linkerkant. Selecteer de knop aan de rechterkant met de tekst Add a BAM-bestand . Navigeer naar de BAM Toets Bestanden map die je hebt gedownload selecteer with_index_with_graph. Klik Open , selecteer kaart.
Ten tweede, hoe converteer ik een BAM-bestand naar Fastq? Hieronder vindt u de stappen om het BAM-bestand naar het FASTQ-formaat te converteren. Dit werkt op Linux en vereist SAMTOOLS en BEDTOOLS
- SAMTOOLS downloaden.
- Pak uit met Command tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Het zal een map maken met de naam samtools-version.
- Ga naar de map cd samtools-version.
Evenzo, hoe converteer ik een BAM-bestand naar een SAM-bestand?
Tot zet SAM. om tot BAM , gebruiken we de opdracht samtools view. We moeten specificeren dat onze invoer in. is SAM-formaat (standaard verwacht het BAM ) met de optie -S. We moeten ook zeggen dat we willen dat de output is BAM (standaard produceert het BAM ) met de -b optie.
Wat doet Samtools-weergave?
Samtools is een set hulpprogramma's die uitlijningen in het BAM-formaat manipuleren. Het importeert en exporteert naar het SAM (Sequence Alignment/Map) formaat, doet sorteren, samenvoegen en indexeren, en maakt het mogelijk om snel uitlezingen in alle regio's op te halen. Samtools is ontworpen om aan een stream te werken.
Aanbevolen:
Wat is een goede richtlijn voor het gebruik van een blikje perslucht om een pc schoon te maken?
Wat is een goede richtlijn voor het gebruik van een blikje perslucht om een pc schoon te maken? Gebruik een lange, gestage luchtstroom uit het blik. Spuit de perslucht niet met de bus ondersteboven. Gebruik geen perslucht om een CPU-ventilator schoon te maken
Wat is een rol van een tussenapparaat op een netwerk?
Intermediaire apparaten verbinden eindapparaten met elkaar. Deze apparaten bieden connectiviteit en werk achter de schermen om ervoor te zorgen dat gegevens over het netwerk stromen. Intermediaire apparaten verbinden de individuele hosts met het netwerk en kunnen meerdere individuele netwerken verbinden om een internetwerk te vormen
Wat is een proces in een besturingssysteem, wat is een thread in een besturingssysteem?
Een proces, in de eenvoudigste bewoordingen, is een uitvoeringsprogramma. Een of meer threads worden uitgevoerd in de context van het proces. Een thread is de basiseenheid waaraan het besturingssysteem processortijd toewijst. De threadpool wordt voornamelijk gebruikt om het aantal applicatiethreads te verminderen en om de workerthreads te beheren
Wat is een kenmerk van een virtuele machine op een pc?
Wat is een kenmerk van een virtuele machine op een pc? - Een virtuele machine heeft een fysieke netwerkadapter nodig om verbinding te maken met internet. - Een virtuele machine is niet vatbaar voor bedreigingen en kwaadaardige aanvallen
Wat is een array, kunnen we een string en een geheel getal samen in een array opslaan?
Arrays kunnen elk type elementwaarde bevatten (primitieve typen of objecten), maar u kunt geen verschillende typen in een enkele array opslaan. U kunt een reeks gehele getallen of een reeks tekenreeksen of een reeks reeksen hebben, maar u kunt geen reeks hebben die bijvoorbeeld zowel tekenreeksen als gehele getallen bevat